Cùng với đầu tư nâng cao chất lượng sản phẩm nông sản, huyện Phù Yên chú trọng phát triển nhãn hiệu, thương hiệu các sản phẩm chủ lực của địa phương. Đến nay, nhiều sản phẩm nông nghiệp mang thương hiệu Phù Yên đã khẳng định vị thế trên thị trường, được người tiêu dùng đón nhận, đánh giá cao về chất lượng.